Сайт "Экспресс в Интернет" показывает наличие мест на нужный мне поезд, а в кассах сказали, что мест нет.

Система "Экспресс в Интернет" показывает актуальную информацию о наличии мест. Если мест показывается много, то значит кассир невнимательно смотрел на терминал, поленился набрать нужные ключи или заявил об отсутствии мест из корыстных побуждений. Случаи отказов билетных кассиров продавать билеты на имеющиеся в наличии места происходят систематически. Вероятнее всего, такой случай произошел и с Вами.

Если Вы пытались взять билет на обратный выезд и нужные Вам места были видны только с включенной опцией "информация по ЖД отправления", то для кассира Московской ЖД такие места видны только при наборе ключа "W0", который он набрать обязан как по требованию пассажира, так и без него.

Также следует отметить, что система "Экспресс в Интернет" подключена к АСУ "Экспресс" через Московскую ЖД и ее данные иногда могут отличаться от данных других дорог.